רוב רובה של אוכלוסיית ירדן מורכב מתושבים פלסטיניים שהיגרו אליה בעקבות מלחמת העצמאות בשנת 1948, ובמהלך שנות שלטונה ביהודה ושומרון. בין ישראל לירדן שררו לאורך השנים יחסים מורכבים. מחד, שרר מצב לוחמה שהתבטא באין ספור תקריות אלימות, ומהחלטתו של המלך חוסיין לתקוף את ישראל במלחמת ששת הימים. מאידך, ישראל ראתה בירדן את פקק הביטחון שלה מול האיומים משכנותיה הערביות והעדיפה את המשך שרידותו של בית המלוכה ההאשמי. משכך, סייעה בגלוי ובנסתר לשמירה על שלטונו של המלך, מניסיונותיהן של מצרים וסוריה לספח את ירדן לקהיליה הערבית המאוחדת בשנות השישים, הן כנגד ניסיונותיה של עירק להתבסס בירדן, ובעיקר בסיוע ההרתעתי שהעניקה לירדן בהגנה על הממלכה מידי הפיכה פנימית פלסטינית שנתמכה בכוח צבאי סורי בשנת 1970.
המלך חוסיין קיים פגישות עם גורמים מדיניים רמי דרג לאורך השנים, אך לא נתן פומבי לכך. יחד עם זאת, כאמור, המלך חוסיין בחר להצטרף למלחמת ששת הימים והפסיד את כל כיבושיה של ירדן ממערב לנהר הירדן. חוסיין בחר שלא להצטרף למלחמת יום הכיפורים ואף הזהיר את ראש ממשלת ישראל, גולדה מאיר, מפני האפשרות כי תפרוץ מלחמה. בשנת 1987 ניסה שמעון פרס, שר החוץ באותם ימים, להגיע להסכם עם המלך חוסיין, במסגרתו ירדן תקבל את האחריות האזרחית על התושבים הערבים ביהודה ושומרון, בצעד שנעשה מאחורי גבו של ראש הממשלה, יצחק שמיר וטורפד על ידו לבסוף.
עם פרוץ האינתיפאדה בדצמבר 1987, ומחשש להתפשטות המהומות גם לארצו, וייתכן שגם מכישלונו של הסכם לונדון, הצהיר חוסיין בשנת 1988 על ביטול אחריותו המינהלית על התושבים הערבים ביהודה ושומרון. צעד זה קידם את שאיפתם של הפלסטינים להגדרה עצמית. במהלך השיחות בין מדינות ערב לישראל בוועידת מדריד, הגיעה משלחת ירדנית-פלסטינית משותפת, וזאת בשל עמדתה של ישראל כי לא תנהל משא ומתן עם אש"ף. עם שינוי התפיסה והחתימה על הסכם העקרונות בין ישראל לבין אש"ף, וקידומו של הסכם אוסלו, בשלו התנאים לקידום הסכם השלום עם ירדן.
נקודות המחלוקת העיקריות בין הצדדים היו טענתה של ירדן כי ישראל ביצעה תיקוני גבול רבים לטובתה בשטח הערבה, גורלן של המובלעות הישראליות בשטח אי השלום בנהריים ובצופר שבערבה, סכירת הירדן בדגניה ומעמד האתרים המוסלמיים המקודשים בירושלים. ישראל באה לקראת ירדן בכל אחת מנקודות המחלוקת: מסרה מאות קמ"ר בשטח הערבה לירדן, הקצתה מאה מיליוני קוב מים בשנה לירדן מימי הכנרת, חתמה על הסכם חכירה ל- 25 שנה למובלעות צופר ונהריים, והעניקה לירדן מעמד על באתרים המוסלמיים בירושלים ובראשם בהר הבית. לכך הצטרפה גם הצהרתו של נשיא ארה"ב, ביל קלינטון, כי ארה"ב תמחק את החוב הכספי לירדן. כך בשלו התנאים לחתימה על הסכם שסיים את מצב הלוחמה ביניהן, סימן את מרבית שטחו של הגבול, למעט המקטע שבין עין גדי לבית שאן, שם דרשה ירדן כי יסומן בהסכמה עם נציגי הפלשתינאים.
מאז ועד היום שורר שלום בין שתי המדינות שאמנם אינו מאופיין בחמימות יתרה אך שומר על ירדן מחוץ למפת האיומים הפעילים על ישראל. ישראלים מבקרים בירדן וירדנים מבקרים בישראל. בשנת 2019, תם הסכם החכירה של שתי המובלעות, ועבדאללה השני, מלך ירדן, דרש את השבתן לידיו, צעד שיצא לפועל בחודש נובמבר 2020. לצד זאת, ירדן רכשה מישראל גז בכמויות מסחריות, עם פיתוחו של מאגר ליוויתן. ירדן נתפסת כגורם מדיני מתון, ביחס לישראל, לצד מצרים ומדינות המפרץ.